林业科学 ›› 2010, Vol. 46 ›› Issue (4): 37-42.doi: 10.11707/j.1001-7488.20100406
钟浩1 周明兵1 白有煌2 汤定钦1
Zhong Hao1,Zhou Mingbing1,Bai Youhuang2,Tang Dingqin1
摘要:
微型颠倒重复序列(miniature inverted repeat transposable elements, MITEs)是一类对基因组进化和基因表达有重要调节作用的转座子。为分析MITEs在毛竹基因组中的分布特性,借鉴Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing repeats ( FIASCO)方法,首次构建Stowaway-like MITEs富集文库。随机挑取21个克隆,测序发现2个含有Stowaway-like MITEs序列 (Stow-Ph1和Stow-Ph2),阳性率为9.52%。Stow-Ph1和Stow-Ph2的长度分别为260和258 bp,具有Stowaway-like MITEs典型的末端颠倒重复序列(terminal inverted repeats, TIRs)和靶位点重复序列(target site duplication, TSD)。Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻的Stow-Os8(FJ266024)的同源性分别为46.4%和52.6%。Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻16类Stowaway-like MITEs的TIRs前20 bp的相似性均高于50%,表明毛竹的Stowaway-like MITEs在TIRs上是高度保守的。