林业科学 ›› 2012, Vol. 48 ›› Issue (2): 75-81.doi: 10.11707/j.1001-7488.20120211
罗晓燕, 侍婷, 蔡斌, 高志红
Luo Xiaoyan, Shi Ting, Cai Bin, Gao Zhihong
摘要:
microRNA(miRNAs)是一类非编码小分子RNA,在植物生长发育、新陈代谢以及逆境生理中起重要作用。基于生物信息学的基因搜索和同源搜索,从 NCBI 数据库中登录的核果类果树的EST和GSS中寻找 miRNAs。从核果类果树的107 982条 ESTs和48 273条GSSs 中搜寻到了11条 miRNAs 前体序列,编码 11条成熟体序列,并预测到19个靶基因,分别编码与生长发育、新陈代谢和转录调节等相关的蛋白。利用 miRbase 数据库进一步分析表明:11条miRNAs属于8个microRNA家族,分别来自桃和梅,其大小为20~23 bp,其中6条为21 bp,而且ppe-miR162a和ppe-miR164f保守性最高。采用poly(A) RT-PCR方法随机对预测的ppe-miR156h, pmu-miR482, ppe-miR399a, ppe-miR171a进行组织表达验证,发现ppe-miR156h在果梅花芽中表达,pmu-miR482, ppe-miR399a, ppe-miR171a在桃叶片中表达。
中图分类号: