美洲黑杨雄性花芽cDNA克隆测序及表达序列标签(ESTs)特性分析

doi:10.11707/j.1001-7488.20061107

林业科学 ›› 2006, Vol. 42 ›› Issue (11): 37-41.doi: 10.11707/j.1001-7488.20061107

美洲黑杨雄性花芽cDNA克隆测序及表达序列标签(ESTs)特性分析

周祥明^1,2 张冰玉² 苏晓华² 王大海² 黄秦军² 张香华² 张志毅¹

1.北京林业大学林木花卉遗传育种教育部重点开放实验室,北京100083；2.中国林业科学研究院林业研究所国家林业局林木培育重点实验室,北京100091

收稿日期:2005-09-27 修回日期:1900-01-01 出版日期:2006-11-25 发布日期:2006-11-25

Sequencing of cDNA Clones and Analysis of the Expressed Sequenced Tags(ESTs)Properties of Male Floral Buds of Populus deltoides

Zhou Xiangming^1,2,Zhang Bingyu²,Su Xiaohua²,Wang Dahai²,Huang Qinjun²,Zhang Xianghua²,Zhang Zhiyi¹

1.Key Laboratory for Genetic and Breeding of Forest Tree and Ornamental Plants,Ministry of Education Beijing Forestry University Beijing 100083;2.Key Laboratory of Tree Breeding and Cultivation,State Forestry Administration Research Institute of Forestry,CAF Beijing 100091

Received:2005-09-27 Revised:1900-01-01 Online:2006-11-25 Published:2006-11-25

摘要/Abstract

摘要：

采用SMART技术构建美洲黑杨雄性花芽cDNA文库。随机挑选4200个克隆进行序列测定,获得原始序列3092个ESTs,去除插入片段短于150bp的序列和污染序列后,获得有效ESTs序列3087个,平均长度515bp。对聚类后的416个Clusters分别进行单独拼接,得到相应的Contigs和Singletons分别为451和1104个,并通过与NCBI等核酸数据库进行比对、查询和注释,获得已知功能和未知功能的基因1015个,无序列相似性的新基因540个。这些数据为进一步研究高等植物花发育提供了一个极有价值的资源。

关键词: 美洲黑杨, 雄性花芽, cDNA文库, 表达序列标签

Abstract:

A cDNA library of male floral buds of Populus deltoides through SMART(the Switch Mechanism At the 5' end of RNA Templates)technique was constructed.4 200 clones randomly selected from the cDNA library were sequenced and 3 092 raw sequences were obtained.3 087 valid ESTs were generated after the size of inserts shorter than 150 bp and the contaminants were removed.The average length of the cDNA was 515 bp.A total of 416 clusters were formed after assembly of the 3 087 ESTs,and 451 contigs and 1 104 singletons were obtained.1 015 ESTs with known or unknown function were identified by BlastN searched against the NCBI non_redundant nucleotide databases,540 ESTs had no significant similarity to any protein or DNA sequence in the databases.The present ESTs provide a valuable resource for further research on the flower development of higher plants.

Key words: Populus deltoides, male floral bud, cDNA library, ESTs

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美洲黑杨雄性花芽cDNA克隆测序及表达序列标签(ESTs)特性分析

Sequencing of cDNA Clones and Analysis of the Expressed Sequenced Tags(ESTs)Properties of Male Floral Buds of Populus deltoides

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