林业科学 ›› 2009, Vol. 12 ›› Issue (4): 19-27.doi: 10.11707/j.1001-7488.20090404
卫尊征1,2 郭琦1,2 李百炼1,2,3 张金凤1,2 张德强1,2
Wei Zunzheng1,2,Guo Qi1,2,Li Bailian1,2,3,Zhang Jinfeng1,2,Zhang Deqiang1,2
摘要:
利用RT PCR方法,首次从小叶杨未成熟木质部cDNA中分离出 PsGA20Ox cDNA全长及其基因组DNA,并进行测序和序列分析。结果表明:克隆的小叶杨PsGA20OxcDNA片段总长为1 403 bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为1 155 bp,编码区可编码长度为385个AA残基,所推导的蛋白质氨基酸序列与拟南芥和水稻GA20Ox 蛋白的同源性分别为660%和57.0%。组织特异性RT PCR结果显示, PsGA20Ox 基因在杨树茎、叶片和顶端分生组织中均有表达,但其表达模式却不同:PsGA20Ox 在成熟木质部中表达丰度最高,在未成熟木质部和嫩叶中表达丰度较高,在顶端分生组织中有少量表达,在形成层组织中表达丰度极低。在此基础上,组合利用MEGA40和DnaSP4.50 4软件对小叶杨36株基因型个体的PsGA20Ox基因组DNA序列进行比对和分析,检测到49个单核苷酸多态性(SNP)位点,频率为1/35 bp。其中,15个是常见SNPs,34个为罕见SNPs。在这些SNPs中,37个属于转换,12个属于颠换。在外显子区域,共检测到26个SNP位点,其中23个为同义突变,3个为错义突变。PsGA20Ox基因内SNPs进行的连锁不平衡分析表明,随着核苷酸序列长度的增加,SNPs的连锁不平衡在基因内部就迅速衰退,因此,在小叶杨中,基于候选基因的连锁不平衡作图是可行的,而基于整个杨树基因组的连锁不平衡作图是不可行的,也是不必要的。