白桦EST-SSR信息分析与标记的开发*

doi:10.11707/j.1001-7488.20080212

林业科学 ›› 2008, Vol. 44 ›› Issue (2): 78-84.doi: 10.11707/j.1001-7488.20080212

白桦EST-SSR信息分析与标记的开发*

王艳敏魏志刚杨传平

（东北林业大学林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室哈尔滨150040）

收稿日期:2006-11-21 修回日期:1900-01-01 出版日期:2008-02-25 发布日期:2008-02-25
通讯作者: 魏志刚

Data Mining for SSRs in ESTs and EST-SSR Marker Development in Betula platyphylla

Wang Yanmin,Wei Zhigang,Yang Chuanping

(Key Laboratory of Forest Tree Genetic Improvement and Biotechnology of Ministry of Education Northeast Forestry University Harbin 150040)

Received:2006-11-21 Revised:1900-01-01 Online:2008-02-25 Published:2008-02-25

摘要/Abstract

摘要：

对NCBI（美国国立生物技术信息中心）中2 548条欧洲白桦ESTs的序列进行分析，结果表明：其中260条ESTs中含有306个SSRs，为全部ESTs序列的10.2%，SSR频率为12.01%。其中，二核苷酸重复比例为81.37%，三核苷酸重复比例为16.67%，四核苷酸重复比例为1.96%。不同软件设计引物的效率不同，Primer3设计出176对SSR引物，在白桦中扩增成功的引物比例为59.09%，而具有多态性的引物比例仅为25.96%； SSR Primer设计出100对引物，在白桦中扩增成功的引物比例为37%，而具有多态性的引物比例为48.65%。

关键词: 欧洲白桦, 白桦, EST, SSR, 标记

Abstract:

Through the sequence analysis of 2 548 ESTs in Betula pendula deposited in NCBI, we found that 306 SSRs were distributed in 260 ESTs out of 2 548 ESTs sequences, accounting for 10.2% of the whole EST sequences. The frequency of SSR was 12.01%, in which, the repetitive proportions of dinucleotide, trinucleotide, and tetranucleotide were 81.37%, 16.67%, and 1.96%, respectively. Moreover, the efficiency of primer design with various softwares was different. The software, Primer3, designed 176 pairs of SSR primers, the proportion of primers, which were successfully used for amplifying DNA fragments of B.platyphylla, was 59.09%, and the proportion of primers that produced polymorphic fragments was 25.96%. The software, SSR primer, designed 100 pairs of primers, the proportion of primers, which were successfully used for amplifying DNA fragments of B.platyphylla, was 37%, and the proportion of primers producing polymorphic fragments was 48.65%.

Key words: Betula pendula, Betula platyphylla, EST, SSR, marker

王艳敏魏志刚杨传平. 白桦EST-SSR信息分析与标记的开发*[J]. 林业科学, 2008, 44(2): 78-84.

Wang Yanmin;Wei Zhigang;Yang Chuanping. Data Mining for SSRs in ESTs and EST-SSR Marker Development in Betula platyphylla[J]. Scientia Silvae Sinicae, 2008, 44(2): 78-84.

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